As pálpebras, cílios, pontos lacrimais, conjuntivas e a superfície da córnea podem ser examinados pelo biomicroscópio de forma direta e com grande aumento.

As demais estruturas oculares podem também ser observadas diretamente através deste microscópio especial que emite uma luz em fenda que "atravessa" os tecidos transparentes do olho, detectando qualquer alteração neste trajeto e permitindo a visão direta e aumentada das camadas cada vez mais internas.

Assim, desde a intimidade da córnea até os detalhes da retina, passando pela transparência da câmara anterior, estruturas do cristalino e corpo vítreo, microscopicamente analisar suas características e diagnosticar eventuais doenças.